Για κάθε φοιτητή ορίζεται, με την έναρξη της φοίτησής του στο Α΄ Εξάμηνο, ένας Ακαδημαϊκός Σύμβουλος μετά από απόφαση της Συντονιστικής Επιτροπής. Από τη προφορική συνέντευξη υποψηφιότητας ένταξης του φοιτητή στο ΠΜΣ, η Επιτροπή Αξιολόγησης συντάσσει Έκθεση Αξιολόγησης και Πρόταση σχετικά με τη φοίτηση και το ερευνητικό πεδίο ενδιαφέροντος του φοιτητή, την οποία κοινοποιεί στη Συντονιστική Επιτροπή. Η Συντονιστική Επιτροπή λαμβάνει υπόψιν της την εξειδίκευση κάθε Ακαδημαϊκού Συμβούλου, το ερευνητικό του έργο και ενδιαφέρον, καθώς και την προπτυχιακή εκπαίδευση καθώς ειδίκευση και ερευνητικό ενδιαφέρον του κάθε φοιτητή. Ο φοιτητής ενημερώνεται από τη Γραμματεία του ΠΜΣ σχετικά με τα στοιχεία του Ακαδημαϊκού Συμβούλου, καθώς επίσης και για τον τρόπο και τη συχνότητα επικοινωνίας τους καθ’ όλη τη διάρκεια των σπουδών του. Τον συντονισμό των Ακαδημαϊκών συμβούλων έχει ο διευθυντής του προγράμματος ο οποίος ενημερώνεται σε τακτική (εβδομαδιαία) βάση για την πρόοδο αλλά και τυχόν δυσκολίες που πιθανόν προκύψουν κατά την διάρκεια της φοίτησης.